Ну, например, чтобы получить журналирование и возможность (почти) навсегда забыть о chkdsk. Или чтобы хранить файлы больше 4 Гб размером. У меня вот тоже почти все флешки отформатированы в NTFS, проблемы возникают только с экзотическими устройствами типа магнитол или планшетов.