Plukh

У меня опыта с быстрым режимом немного :-(, я обычно всё делаю последовательно ручками :-), иначе опыт показывает, что постоянно надо что-то переделывать :-(((. Для сжатия аудио знаю точно - он не умеет вытаскивать из mkv дорожки, отличные от дорожки по умолчанию - надо это делать самому с помощью mkvextract или HD Streams Extractor (по-моему, он понимает MKV - не помню точно).

Если достаточно дорожки по умолчанию - то MKV разбирать не надо, просто когда видео и аудио сжалось (т.е. готов mkv или mp4-файл с видео и mp4/m4a-файл(-ы) с аудио) - сжиматор аудио сам возьмёт дорожку из mkv - после надо открыть пункт Tools -> Muxer -> MP4 Muxer и выбрать соответствующие дорожки ручками (чтобы добавить аудиодорогу, надо кликнуть правой кнопкой на закладку "Audio 1" и выбрать "Add Track"). После этого дождаться, пока окончится муксинг - и всё должно работать.

P.S. При попытке проверить сжатие аудио непосредственно из mkv MeGUI решил повиснуть :-(. Завтра к утру дожмётся очередная порция видео, которая висит на фоне - и тогда перегружусь и проверю ещё раз.